Джо Аллен родился в валлийском Кармартене (Кармартеншир) 14 марта 1990 года и вырос городке Фишгард, Пемброкшир. Когда ему было девять лет, его заметили скауты «Суонси Сити» и пригласили присоединиться к команде со стадиона «Либерти», где он оставался в течение следующих 13 лет, пока в августе 2012 года не перешёл в «Ливерпуль», став вторым новичком Брендана Роджерса на посту главного тренера «красных».

Обладающий хорошей скоростью игрок за пока недолгую свою карьеру уже успел поиграть на разных позициях в центре поля. Он любит и умеет играть в пас, и это было привито ему Роджерсом, который раньше был наставником Аллена в «Суонси». Благодаря этому Джо хорошо понимает, какова футбольная философия Роджерса.

Дебют Аллена в составе команды мастеров состоялся в последнем матче «Суонси» в сезоне 2006/2007 годов, когда Джо вышел на замену в матче против «Блэкпула». В той игре победу со счётом 6:3 праздновали «мандариновые».

После летнего перерыва семнадцатилетний Аллен вернулся для того, чтобы дебютировать в стартовом составе своего клуба. Это событие пришлось на матч Кубка лиги против «Уоллсола», в котором Джо забил гол аккуратным и точным ударом с левой ноги.

Экс-капитан и тогдашний главный тренер «Суонси Сити» Роберто Мартинес предложил Аллену первый профессиональный контракт в августе 2007 года, а в апреле 2008 года «Суонси» обыграл своих давних соперников из «Кардифф Сити» на их поле в финале Молодёжного кубка Уэльса.

«Суонси» завоевал право выступать в Чемпионшипе с сезона 2008/2009, однако, в октябре 2008 года Аллен был отправлен в аренду в «Рексем» сроком на один месяц. В дебютном матче за «драконов» он забил потрясающе красивый гол с двадцати одного метра, но получил травму лодыжки в своём втором матче, и остаток месяца провёл в лазарете.

Когда он вернулся в «Суонси» и полностью оправился от травмы, Джо получил шанс проявить себя в родной команде. В декабре 2008 года полузащитник Ферри Бодде получил травму в домашнем матче против «Бёрнли» (она вывела его из строя до конца сезона).

Команда проигрывала 0:2 и смотрелась очень плохо, и тут Роберто Мартинес решил выпустить Аллена в расчёте на то, что тот проявит необходимое желание и поможет изменить ситуацию.

За 25 минут, проведённых Алленом на поле, он сумел вдохновить команду на камбэк (матч завершился со счётом 2:2) и был признан лучшим игроком этой встречи.

В апреле 2009 года «Суонси» шёл девятым в таблице и всё ещё рассчитывал побороться за место в плей-офф. Команде предстоял матч с «Кардифф Сити», который был шестым, и в этом матче Джо вновь проявил себя во всей красе.

Мартинес выпустил Аллена, когда счёт всё ещё был равным, и на 88-й минуте в этой «битве титанов» Джо прекрасным ударом с линии штрафной послал мяч в сетку ворот. Этот гол стал его первым за клуб, к которому он присоединился десятью годами ранее. Хотя Джо был уверен, что этот гол принесёт победу его клубу, под самый занавес матча «Кардифф» сравнял счёт усилиями Росса Маккормака.

По итогам той кампании «Суонси Сити» в плей-офф не попал, отстав от заветного места на шесть очков. Однако, выступление Аллена не осталось незамеченным, и он был признан лучшим молодым игроком сезона в составе «лебедей».

Летом 2009 года у «Суонси» поменялся тренер — вместо Роберто Мартинеса пришёл Паулу Соуза. Для Аллена та кампания оказалась неудачной — большую её часть он провёл в лазарете, так как несколько раз получал серьёзные травмы. В его отсутствие «лебеди» чуть было не получили право сыграть в плей-офф Чемпионшипа, но им не хватило для этого всего одного очка.

Летом 2010 года они снова поменяли тренера, которому было суждено изменить ситуацию. Этим тренером стал Брендан Роджерс, который превратил Джо Аллена в одного из самых перкспективных полузащитников Европы.

Роджерс связывал с Алленом особые надежды, решив, что тот способен занять особое, чрезвычайно важное место в его системе, которая позволила «Суонси Сити» наконец пробиться в Премьер-лигу. В сезоне 2010/2011 годов Джо сыграл в 43 матчах в Чемпионшипе. Он занимал позицию в центре поля, где связывал игру команды воедино и передавал мяч по схеме, разработанной Роджерсом.

«Суонси» взрезали оборону соперников и с помощью точных передач доставляли мяч к воротам. Сердцем этих методичных продуманных атак был Джо Аллен.

По итогам кампании «Лебеди» заняли третье место. В полуфинале плей-офф они обыграли «Ноттингем Форест», а в финале встретились с бывшим клубом Роджерса — «Редингом». Благодаря хет-трику Скотта Синклера команда Роджерса и Аллена выиграла 4:2 и получила право выступать в Премьер-лиге.

В следующем сезоне игрой «Суонси» наслаждались уже те, кто следит за играми в высшем свете английского футбола. Комбинационный, красивый, атакующий стиль, основанный на владении мячом и умелой работе с ним привлекал к себе, и не менее увлекательно было следить за игрой Аллена.

По итогам сезона он забил четыре гола (рекорд для него) и снова был признан лучшим молодым игроком «Суонси Сити». Сама команда заняла достойное одиннадцатое место.

В июне 2012 года Роджерс был назначен тренером «Ливерпуля», а два месяца спустя Брендан пригласил в команду и Джо Аллена.